我正在尝试 plot marginal-effects对于具有二项式 Logit 链接函数的混合模型。
我的问题是我最初使用缩放的连续变量运行模型,然后我在 ggpredict()
函数中使用它。
但是,当我尝试绘制边际效应时,边际效应的 x 轴使用缩放变量,我想用原始的连续未缩放数据绘制它。从而使其更具可解释性。
我不确定该怎么做。我附上了一个最小的可重现示例。
#data
dat <- data.frame(age = seq(1,5, by = 1),
sex = as.factor(c("M", "F")),
cluster = runif(20, min=0, max=100),
household = runif(50, min=0, max=100),
temp = runif(100, min=0, max=100),
prec = runif(100, min=0, max=100),
hum = runif(100, min=0, max=100),
disease = c(1,0))
#scale continuous variables
pvars <- c("temp", "prec", "hum")
datsc <- dat
datsc[pvars] <- lapply(datsc[pvars],scale)
#setting the control to run faster
contr1 <- glmerControl(optimizer = "nloptwrap", calc.derivs = FALSE)
#run glmer model
model1 <- glmer(disease ~ hum + temp + prec + (1|cluster/household),
family = binomial("logit"),
data = datsc, control = contr1)
modelsummary<- summary(model1)
#calculate marginal effects
humidity <- data.frame(ggpredict(model1, term = "hum [all]", type = "fe"))
humidity_plot <- ggplot(data=humidity, aes(x=x, y=predicted)) +
geom_line(size = 1) +
geom_ribbon(aes(ymin=conf.low, ymax=conf.high, fill = group), linetype=2, alpha=0.1) +
scale_y_continuous(limits = c(0, 1), breaks = c(seq(0,1, by = 0.2))) +
xlab("Humidity") +
ylab("Probability of Disease") + theme_classic()
任何帮助将不胜感激。
最佳答案
在通过 ggpredict() 创建预测边际效应数据帧后,向数据帧添加一个新变量,即 x 值的未缩放版本,然后将未缩放变量指定为 ggplot 中的 x。
humidity <- data.frame(ggpredict(model1, term = "hum [all]", type = "fe"))
humidity$hum_unscaled <- humidity$x*sd(dat$hum) + mean(dat$hum)
humidity_plot <- ggplot(data=humidity, aes(x=hum_unscaled), y=predicted)) +
geom_line(size = 1) +
geom_ribbon(aes(ymin=conf.low, ymax=conf.high, fill = group), linetype=2, alpha=0.1) +
scale_y_continuous(limits = c(0, 1), breaks = c(seq(0,1, by = 0.2))) +
xlab("Humidity") +
ylab("Probability of Disease") + theme_classic()
关于r - 将 ggpredict() 和 ggplot2() 与缩放的连续变量一起使用并尝试取消缩放它们,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/60955613/
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